A Giuseppe Picone si deve la prima raccolta dei reperti delle necropoli agrigentine, prima nella cappella di Santo Spirito e poi presso il Municipio. L’attività del museo tuttavia prende forte vigore nel 1924, con la direzione di Giovanni Zirretta, con le ricerche condotte da Pirro Marconi e Alexander Hardcastle, e ancor di più con l’istituzione della Soprintendenza alle Antichità per le province di Agrigento e Caltanissetta.
L’edificio del museo, costruito nel 1960, occupa una parte del versante sud del poggetto di San Nicola.
Sotto il profilo museografico, il Museo, opera dell’architetto Franco Minissi, è stato definito una delle espressioni più valide della moderna museografia europea: ciò non solo per le valenze architettoniche del risolto accostamento al complesso monumentale preesistente, classico e medievale, ma anche per la sua organizzazione scientifica nella sistemazione dei materiali e nell’apparato illustrativo e didattico a commento delle collezioni; si colloca nell’ambito della cosiddetta “agorà alta” della città classica tra il bouleuterion e l’ekklesiasterion di età ellenistica, rispettivamente a Sud e a Nord, l'Oratorio di Falaride e la chiesa con il monastero di San Nicola a Est.
Le collezioni sono distribuite secondo un criterio storico-cronologico e topografico e con un percorso di visita continuo che riconduce il visitatore, alla fine, nello stesso punto di ingresso.